En la Casa Blanca continuaron las reuniones del Comité Ejecutivo del Consejo de Seguridad Nacional. El presidente Kennedy, ante las presiones de los militares y otros funcionarios, consideró el bloqueo como medida de insuficiente eficacia, y propuso ponderar otras, tales como el ataque aéreo, la invasión o el posible canje, en tácita alusión a los cohetes Júpiter en Turquía.
Kennedy orientó a su hermano Robert reunirse con el embajador soviético, Anatoli Dobrynin. El diplomático comentó que en las fronteras de la Unión Soviética con Turquía existían cohetes y su instalación no provocó un conflicto. Robert Kennedy le preguntó si la URSS estaba interesada en la salida esos misiles, que él consultaría al Presidente. Dobrynin informó a Moscú.
En Cuba, el peligro de un ataque aéreo sorpresivo crecía ante el aumento de los vuelos rasantes. Fidel Castro, en carta pública a U Thant, secretario general de la ONU, informó su decisión de abrir fuego, a partir del día 27 de octubre, contra todo avión enemigo que volara a baja altura. En la mañana, cuando la aviación estadounidense irrumpió en el espacio cubano, las baterías antiaéreas dispararon.
En ese contexto fue derribado un avión U-2 por una batería de cohetes SA-75 soviética, emplazada en el municipio de Banes, en la región oriental. Allí pereció su piloto, el mayor Rudolf Anderson.
En Moscú, Jruschov enviaba un mensaje abierto a Kennedy, a través de Radio Moscú, en el cual propuso la retirada de los cohetes en Turquía a cambio de los instalados en Cuba, y el compromiso de no amenazar al territorio de Turquía, en el caso de la URSS, y al de Cuba, en el caso de Estados Unidos.
Kennedy decidió no contestar este mensaje, sino el del día 26, que no incluía los cohetes de Turquía. A tal efecto, escribió que, si los soviéticos se comprometían a retirar esos sistemas de armamentos de Cuba, bajo inspección de las Naciones Unidas, y a no introducir en Cuba tales sistemas, EE. UU., mediante el establecimiento de medidas adecuadas por la ONU para asegurar la realización y la continuación de estos acuerdos, se comprometerían a: a) levantar rápidamente las medidas de bloqueo actualmente imperantes, y b) dar seguridad de no invadir a Cuba.
En la noche se produjo una segunda reunión entre el Embajador soviético y el hermano del Presidente. Robert Kennedy conminó a Dobrynin a que los soviéticos dieran una respuesta, pues los acontecimientos se iban precipitando y podrían, en un momento dado, irse del control presidencial. Planteó que el problema turco se resolvería, pero que no debía figurar públicamente, pues sería manejado primero en la OTAN.
En la mañana del 28, sin una previa consulta con el Gobierno cubano, Jruschov transmitió por Radio Moscú su respuesta a Kennedy, que confirmó los términos de negociación, según los cuales, de no existir el peligro de invasión a Cuba, no solo por Estados Unidos, sino tampoco por otros países del hemisferio, desaparecen los motivos que condujeron a prestar esta clase de ayuda a la Isla.
Ordenó a los militares soviéticos en Cuba que tomaran las medidas pertinentes para interrumpir la construcción de las instalaciones, desmantelarlas y devolverlas a la Unión Soviética, e informó su disposición de llegar a un acuerdo que permitiera a representantes de las Naciones Unidas comprobar el desmantelamiento de estos medios.
Kennedy respondió a Jruschov: «Considero mi carta del 27 de octubre, dirigida a usted, y su respuesta (…), como compromisos firmes por parte de ambos gobiernos».
La dirección cubana también se enteró a través de Radio Moscú. En la Embajada de la URSS en La Habana se recibió un extenso telegrama de su Gobierno al cubano, en el cual se explicaban los acontecimientos que precedieron al paso dado, se valoraba que otra decisión habría significado la guerra mundial, y se reiteraba que nunca renunciarían al compromiso con la defensa de Cuba.
La dirección cubana estimó que ese entendimiento no daba solución a las causas que originaron el conflicto y consideró que el acuerdo debió habérsele consultado.
Al atardecer, Fidel comunicó la posición cubana, que expresó que las garantías dadas por Kennedy solo existirían si, además de la eliminación del bloqueo naval que prometía, se adoptaban las medidas siguientes:
01. Cese del bloqueo económico, y de todas las medidas de presión comercial y económica que ejercen los Estados Unidos en todas las partes del mundo contra Cuba.
02. Cese de todas las actividades subversivas, lanzamientos y desembarco de armas y explosivos por aire y mar, organización de invasiones mercenarias, filtración de espías y saboteadores, acciones todas que se llevan a cabo desde el territorio de Estados Unidos y de algunos países cómplices.
03. Cese de los ataques piratas que se llevan a cabo desde bases existentes en Estados Unidos y en Puerto Rico.
04. Cese de todas las violaciones del espacio aéreo y naval por aviones y navíos de guerra norteamericanos.
05. Retirada de la Base Naval de Guantánamo y devolución del territorio cubano ocupado por Estados Unidos.
Los gobernantes estadounidenses no quisieron considerarlos y, al mismo tiempo, exigieron la inspección del territorio cubano como forma de verificación del compromiso soviético.
Si bien el llamado entendimiento Kennedy-Jruschov había encontrado una solución negociada a la crisis que amenazó a la humanidad con la guerra nuclear, esto no resolvía las causas que la habían engendrado.
Para Cuba, el peligro de la agresión militar no había pasado. Vinieron nuevos días de tensión. En aquella coyuntura difícil, la máxima dirección de la Revolución Cubana supo defender con dignidad y valor la autodeterminación y soberanía del país frente a la actuación de las dos superpotencias de la época, sin obstaculizar el proceso negociador.
El 30 de octubre arribó a La Habana U Thant, quien sostuvo reuniones con las autoridades durante dos días. Lo discutido fue informado al pueblo por Fidel, en una comparecencia por radio y televisión, en la cual explicó la postura de principios asumida, al demandar los cinco puntos y no tolerar la inspección.
El 31 de octubre, la URSS inició la retirada de los cohetes. El 2 de noviembre arribó a Cuba el primer vicepresidente del Consejo de Ministros de la URSS, Anastas I. Mikoyán, quien por más de tres semanas estuvo en el país, en un esfuerzo por limar diferencias.
El día 4 se iniciaron las conversaciones. El primer aspecto fue el referido a la verificación de la retirada de los cohetes por una comisión internacional. Mikoyán propuso diferentes variantes, pero en su esencia no cambiaban su propósito.
Fidel argumentó su posición, al oponerse a esa pretensión que viola derechos soberanos de la nación. Mikoyán planteó la idea de la inspección de los barcos en aguas internacionales, a lo cual Fidel respondió que eso era asunto soviético.
Otros aspectos discutidos fueron las discrepancias en torno a la forma unilateral de la URSS para la solución de la crisis y fijar posiciones comunes.
Estados Unidos continuó su política de chantaje con nuevas exigencias para la retirada de los bombarderos IL-28, y el aumento de los vuelos a baja altura, que complicaron más aún la situación. Su presión llegó al punto de mantener el bloqueo naval y proyectar un golpe aéreo contra las bases cubanas.
A pesar de la posición de rechazar nuevas exigencias manifestadas por Mikoyán, la Unión Soviética consideró pertinente la retirada de losIL-28, a lo cual Cuba no puso objeción.
Los argumentos estadounidenses para mantener el bloqueo habían terminado. El 20 de noviembre, Kennedy dio órdenes al Pentágono de poner fin al cerco naval.
Las fuerzas armadas de la URSS y de los países socialistas del Tratado de Varsovia pasaron a las condiciones de tiempo de paz, y Cuba dos días después. Pero los peligros no cesaron para Cuba: quedaban el bloqueo económico, las acciones subversivas de todo tipo y la base naval en Guantánamo, fuente de peligrosas provocaciones.
El 7 de enero de 1963 finalizaron las negociaciones con dos notas dirigidas al Secretario General de las Naciones Unidas. Una conjunta de Estados Unidos y la URSS, y la otra de Cuba.
El documento soviético-estadounidense afirmaba que, por el grado de entendimiento logrado y la extensión del progreso en su aplicación, no era necesario que el tema ocupara más la atención del Consejo de Seguridad.
La nota cubana reiteraba que los resultados alcanzados no habían propiciado un acuerdo eficaz, capaz de garantizar la paz en el Caribe y liquidar las tensiones, pues el Gobierno de Estados Unidos, lejos de renunciar a su política agresiva, la mantenía, y que la simple promesa de no invasión no constituía una garantía.
Terminaba así la más peligrosa crisis de la segunda mitad del siglo XX, pero sus causas principales persisten.